Avec ComptaBase, la gestion de la TVA est aussi simplifiée que sécurisée : c'est en fonction de la nature du compte que ComptaBase autorise l'utilisateur à choisir parmi les taux de TVA disponibles. En cas de changement légal, ces taux sont librement modifiables. Quant au décompte TVA, il est formaté selon les normes fédérales et ses chiffres sont obtenus sans aucun réglage préalable, que les écritures soient issues de la facturation intégrée ou saisies par l'utilisateur. Le décompte TVA au taux de la dette fiscale nette (taux forfaitaire) est également pris en charge, depuis la version 1.2.4